植物化学
植物环肽：开拓并较系统研究石竹科和番荔枝科等植物环肽；建立了环肽系统化学研究方法；提出了植物环肽新的概念、其结构骨架新的系统分类法和以其为特征成分的石竹科植物化学分类学，及堇菜科类型环肽为初级代谢产物，其它类型环肽属非直接基因产物，可能通过多酶途径合成，为次生代谢产物的新观点；制定了以太子参环肽A和B作为中药太子参药材质量控制成分的技术方法；应美国Chemical Reviews邀请发表植物环肽综述；有力地带动了植物环肽研究领域的发展，获2006年度云南省自然科学一等奖。在植物环肽化学研究领域开展了有创新意义和国际领先水平的研究工作，该研究组已成为国际上植物环肽研究一个主要小组，并得到国内外同行们的关注、追踪和合作，同时该领域已成为中国科学院昆明植物研究所植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室近十年的一个新的主要优势领域。
复杂配糖体：应用化学、酶学和波谱学方法完成了几个复杂糖链带酰基的七、八和九糖三萜皂甙结构研究，在此基础上应英国 “Phytochemistry” 邀请成为该杂志第一位独立撰写综述的中国学者（ 1999 ）。
其 它：开展了约20科40属50种植物的化学成分研究；分离鉴定约500个化合物，其中有150多个新化合物；化合物类型涉及环肽、皂甙、生物碱及其它含氮化合物、黄酮、木脂素等；特别是北美红杉中发现的北美红杉素A (Sequosempervirin A)为具有C6-C3-C2-C6螺环结构的新颖降木脂素，在Tetrahedron Letters(2004)上发表后即被 Natural Product Reports(2004)列为热点化合物。

药物筛选
在国际合作的资助下于1996年3月按照国际标准在国内植物化学实验室较早建立了适合于高通量筛选的药物筛选实验室，包括分子筛选实验室和细胞筛选实验室，目前建立了16个模型共计30个实验，涉及骨质疏松、肿瘤、心血管疾病、感染、代谢等症，收集了七千多个样品、累计已筛选样品七万余个，发现了一批活性样品，并进行了相关构效关系和作用机理研究，建立了相应的样品库和数据库。该项工作为后续新药研究提供了一批活性分子。

药物设计
自2004年以来在本组发现的组织蛋白酶B和K双黄酮类抑制剂及其动力学研究基础上，借助SGI计算机工作站、应用SYBYL软件新开展了组织蛋白酶B和K、碳酸酐酶II和基质金属蛋白酶9的200多个抑制剂（黄酮类、醛类、酮酰胺类和磺酰胺类）的对接和3D-QSAR研究，结果发现其理论与实验结果相符。在Specs数据库化合物的组织蛋白酶B虚拟筛选中，发现132个化合物可能抑制该酶活性，其中26个化合物实验验证为组织蛋白酶B的抑制剂。该项工作开创了本所自主计算机辅助药物设计研究。

新药研究
自2004年与昆明医学院第一附属医院董坚博士合作完成了天然抗肿瘤药物IHA以下研究工作：药材资源调查和收集，有效部位的提取工艺及原料药的制备，作用机理，含量测定，系统成分研究，体外活性测定，急性毒性试验，体内药效学研究。初步结论为IHA是一低毒有效的新的天然抗肿瘤药物，有进一步研发的价值。

科研项目
申请或承担科研项目36项，国家级基金11项、省部级基金14项、国际合作项目2项、重点室基金7项、其它2项。在研项目6项，主要项目有：

中国科学院“西部之光”人才培养计划“联合学者”项目，“天然小分子与靶标蛋白的相互作用及其虚拟活性和生物活性筛选研究”。

国家自然科学基金项目（国家杰出青年科学基金项目），“重要药理活性环肽分子的发现” 。

学术交流
参加国际会议 9 次， 32 人次：大会报告 1 次，邀请报告 3 次，口头报告 5 次，分会主持 3 次。

参加国内会议 8 次， 35 人次：大会报告 1 次，邀请报告 5 次，口头报告 1 次，分会主持 5 次。

人才培养
已培养博士 10 名、硕士 8 名，在读博士生 7 名、硕士生 2 名，在站博士后 1 名。