一、 国家自然科学奖

一等奖 酵母丙氨酸转移核糖核酸的人工全合成 (1987年)
二等奖 氨基酰-tRNA合成酶及其与相关tRNA的相互作用（2001）
二等奖 核糖体失活蛋白与核糖体RNA结构与功能的研究（2005）
三等奖 tRNA和5sRNA 结构功能与进化的研究 (1993年)
三等奖 雄激素对大鼠PSBP基因转录的调控研究 (1997年)
三等奖 蛋白酶抑制剂结构与功能的研究 (1999年)

二、国家科技进步奖

二等奖 高温DNA顺序测定系统的创立 (1993年)
二等奖 转移核糖核酸结构、功能与合成（1999年）

三、陈嘉庚生命科学奖

酵母丙氨酸转移核糖核酸的人工全合成 (1991年)

四、何梁何利科学技术成就奖 王应睐院士(1997年)

五、何梁何利科学技术进步奖 王德宝院士(1997年)

六、中科院自然科学奖

一等奖 RNA 结构功能与进化的研究 (1992年)
一等奖 雄激素对大鼠PSBP基因转录的调控研究 (1993年)
一等奖 蛋白酶抑制剂结构与功能的研究 (1998年)
二等奖 酵母丙氨酸转移核糖核酸的反密码环不参与tRNA和合成酶相互识别 (1989年)
二等奖 酵母酸性磷酸酯酶基因上游调控序列的结构与功能 (1991年)
二等奖 胰岛素分子与其受体的结合部位 (1991年)
二等奖 胆碱脱氢酶的性质与重组 (1992年)
三等奖 胰蛋白酶和Bowman-BIRK型抑制剂复合物系列立体结构 (1991年)
三等奖 切割有害基因的核酶的设计、性质及作用 (1995年)

七、中科院科技进步奖

一等奖 高温DNA顺序测定系统的创立 (1992年)
二等奖 外源基因的酵母表达系统 (1988年)
三等奖 蛋白酶和多肽的酶促合成 (1988年)
三等奖 线粒体内膜与辅酶Q联系的脱氢酶 (1989年)

八、上海市科技进步奖

一等奖 氨酰tRNA合成酶及其与相关tRNA的相互作用（2000年）
二等奖 转移核糖核酸结构、功能与合成（1998年）
三等奖 遗传性蛋白基因缺陷（1995）
三等奖 中药"更年春"治疗更年期综合症的临床和实验研究 (1998年)

九江苏省科技进步奖

糖蛋白IIB、IIIA复复合物与血小板无力症的分子生物学研究 (1995年)