实验室从科学发展和国家需求的战略高度出发，对分子酶学工程的基本科学问题进行深入研究，经实验室学术委员会讨论，确定主要研究方向是：以天然酶的结构与功能为基础，以分子酶学工程为核心，充分利用学科综合和学科交叉的优势，开发酶的新功能、新性质，发展新型生物催化剂，探讨酶分子催化和工程的理论和方法。主要在酶分子进化工程、酶结构－功能、功能基因组学和新型酶技术四个研究平台上开展研究工作。