卫生部肿瘤蛋白质组学重点实验室于2003年正式挂牌。其前身是1999年成立的中南大学湘雅医院肿瘤蛋白质组学实验室。室主任由博士生导师陈主初教授担任，副主任由博士生导师肖志强教授担任。自成立以来，在实验室建设、科研和人才培养诸方面都取得了显著成绩。该室已形成一支以中青年为主，学术梯队配套，科研方向稳定，科研水平较高，团结协作，刻苦钻研，勇于探索，努力奋进的科研和教学集体。已初步建设成为一个实验条件较好、技术较全面的，能作为研究生培养和科研人员培训的肿瘤蛋白质组研究基地。现该室在岗研究人员20人，其中正副教授8人（博士生导师3人、硕士生导师5人）。
该室下设二维电泳、质谱分析、生物信息学、细胞生物学、分子生物学、生化分析、细胞培养和细菌培养等8个功能实验室。现有实验用房1200平方米。室内除装备有常规的细胞生物学和分子生物学设备外，还配备了全套双向凝胶电泳装置、双向电泳图像分析系统、自动切胶仪、质谱仪、毛细管电泳仪、色谱仪和惠普工作站及网络系统等蛋白质组学研究专用设备。
实验室的中远期目标
2004年—2008年为实验室初期开放阶段。通过向国内外开放，使该实验室成为国内肿瘤蛋白质组研究方面具有较好的科研环境和实验条件，成为能代表国家学术水平、实验水平和管理水平的科学实验研究基地和学术活动中心。并完成以下研究任务。
1、深入研究鼻咽癌和肺癌相关蛋白质（包括血清蛋白质）的结构、功能及其与肿瘤发生、发展和预后的关系，获得具有自主知识产权的、可用于鼻咽癌和肺癌发病分子机理研究、新药开发和诊治的肿瘤特异蛋白质；筛选具有自主知识产权的、可用于鼻咽癌和肺癌筛选、早期诊断的血清标志物或/和肿瘤相关抗原。
2、应用蛋白质工程技术深入研究肿瘤特异蛋白质的结构和功能，以及进行肿瘤特异蛋白质与其他蛋白质的相互作用关系的研究，在此基础上体外合成肿瘤特异蛋白质/多肽。
3、制备肿瘤特异蛋白质的抗体，开发用于肿瘤诊断的试剂和蛋白质芯片（抗体芯片）。
