曹志伟 上海生物信息技术研究中心副研究员

曹志伟 上海生物信息技术研究中心副研究员
  曹志伟,女,生物信息学博士,副研究员,课题组组长、主任助理。1995年毕业于天津南开大学生物化学和分子生物学系,同年考入南京大学生物化学系研究生。1999年获新加坡政府奖学金,赴新加坡国立大学(National University of Singapore)攻读博士学位。在该校计算科学系的生物信息和药物设计课题组 (BIDD, http://bidd.nus.edu.sg) 5年里,主要从事生物大分子建模,动力学模拟,数据库建设,药物信息学理论及计算方面的科研和教学。建成生物大分子动力学模拟软件一个,中药成分及含量数据库、药理分子有效剂量数据库和中药配方数据库三个,并根据BIDD特有的药理靶点分子库(包括药靶分子库,毒副作用数据库和ADME数据库)开发了植药类相关算法,申请相关美国专利一项 。前后共发表了SCI收录专业论文7篇。

  2004年初,曹博士应聘来本中心担任副研究员,课题组组长,荣获了2004年度上海市科委科技启明星项目支持。她的课题组研究内容包括:比较基因组学,比较蛋白组学,蛋白-蛋白相互作用,蛋白-配体相互作用,潜在药靶发现,以及药物ADME方面的研究。得力于深厚的生物学基础和计算科学交叉背景,曹博士擅长将生物学领域的问题转化成计算机问题解决。

代表性论文:
1. Z.W. Cao, Y. Xue, L.Y. Han, B. Xie, H. Zhou, C.J. Zheng, H.H. Lin and Y. Z. Chen, MoViES: Molecular Vibrations Evaluation Server for Analysis of Fluctuational Dynamics of Proteins and Nucleic Acids. Nucleic Acids Research, . 32,W679-W685. (2004)
2. Z. W. Cao, X. Chen and Y. Z. Chen. Correlation between Normal Modes in The 20-200cm-1 Frequency Range and Localized Torsion Motions Related to Certain Collective Motions in Proteins. J. Mol. Graph. Mod. 21,309-319. (2003).
3. Z. L. Ji, L. Z. Sun, X. Chen, C. J. Zheng, L. X. Yao, L. Y. Han, Z.W. Cao, J. F. Wang, W. K. Yeo, C.Z. Cai, and Y. Z. Chen. Internet Resources for Proteins Associated with Drug Therapeutic Effects, Adverse Reactions, and ADME. Drug Discovery Today. 8(12),526-529. (2003).
4. Z. W. Cao, Y. Z. Chen Hydrogen bond disruption probability in proteins by a modified self-consistent harmonic approach. Biopolymers,58, 319-328 (2001).
5. Y. Z. Chen, X. L. Gu, and Z. W. Cao, Can an optimization/scoring procedure in ligand-protein docking be employed to probe drug-resistant mutations in proteins? J. Mol. Graph. Mod.,19, 560-570 (2001).

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