陈良标 研究员

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陈良标 研究员

Email:lbchen@genetics.ac.cn
Tel: 010-62555629
实验室网站:http://www.fishgenome.org

个人简介
陈良标,博士,中国科学院研究员,博士生导师, 中科院遗传与发育生物学研究所人类与动物遗传学中心副主任,遗传与发育生物学研究所学位委员会委员,《遗传学报》编辑委员会副主编,《遗传》编辑委员会副主编
   1988 年毕业于杭州大学生物系细胞生物学专业,1991年获中国科学院发育生物学研究所理学硕士学位,1993和1996年从美国
University of Illinois at Urbana-Champaign 获生理学硕士和分子生理学博士学位,1997至1999年在美国National
Institutes of Health做博士后研究,2000至2001年服务于美国生物信息公司Doubletwist Inc.,从事生物信息数据库工作,
2001年回国,于2002年12月入选中科院"百人计划"。

主要研究方向
动物进化与环境基因组学,以及干细胞分化的机理。通过分子生物学,生物信息和细胞生物学等研究手段:阐述新基因起源的分子机制, 基因组进化与环境的相互关系,以及细胞分化的分子控制。

现阶段的主要研究内容

  一.极端环境下的基因组进化
  生活在地球两极的鱼类在千万年的寒冷环境中进化出了许多新的基因和特殊的生理机制以适应寒冷的极地环境。这些适应性变化可以从功能基因组的进化中获得机制性的解释,因此,极地鱼类的基因组是研究基因组如何受环境因素影响的好材料。目前,我们通过对鱼类抗冻蛋白基因的起源和基因家族的进化、极地鱼类和热带鱼在功能基因组成和表达上的差异等方面的研究揭示新基因起源的规律和鱼类对严寒适应的分子基础,并在比较的基础上发掘耐寒关键基因,以及细胞传递低温信号的分子通路。

  二.干细胞全能性及分化的分子基础
  以鱼类早期发育和胚胎干细胞的分化为体系,通过高通量的基因表达谱分析、体外诱导分化等技术,发掘控制细胞分化的基因和表观遗传因子。
  
  三.生物信息学和数据挖掘(www.fishgenome.org/bioinfo)
  设计和开发以Microarray和EST为平台的比较基因组学的算法和软件,挖掘转录组间的差异表达基因并进行生物功能解释,进而扩展到基因调控网络的进化分析。

主要论著目录

Lei Chen, Lixue Cao, Longhai Zhou, Yudong Jing, Zuozhou Chen,Cheng Deng, Yu Shen, Liangbiao Chen. Trehalose as a good
candidate for enriching full-length cDNAs in cDNA library construction. Journal of Biotechnology. 2007, 127: 402–407

Huarong Huang, Xiaoli Zhao, Liangbiao Chen, Chao Xu, Xing Yao, Yongliang Lu, Licheng Dai, Ming Zhang. Differentiation of
human embryonic stem cells into smooth muscle cells in adherent monolayer culture. Biochemical and Biophysical Research
Communications. 2006, 351: 321-327

Zuozhou Chen, Weilin Wang, Xuefeng Bruce Ling, Jane Jijun Liu, Liangbiao Chen. Go-Diff: Mining functional differentiation
between EST-based transcriptomes. BMC Bioinformatics. 2006, 7: 72.

Jane Jijun Liu, Gene Cutler, Wuxiong Li, Zheng Pan, Sihua Peng, Tim Hoey, Liangbiao Chen and Xuefegn Bruce Ling. Multiclass cancer classification and biomarker discovery using GA-based algorithms. Bioinformatics. 2005, 21: 2691-2697.

Zuozhou Chen, Chenghai Xue, Sheng Zhu, Fengfeng Zhou, Xuefeng Bruce Ling, Guoping Liu, Liangbiao Chen. GoPipe:
Streamlined Gene Ontology Annotation for Batch Anonymous Sequences With Statistics. Progress in Biochemistry and
Biophysics. 2005, 32 (2): 187-191.

Sihua Peng, Qianghua Xu, Xuefeng Bruce Ling, Xiaoning Peng, Wei Du, Liangbiao Chen. Molecular classification of cancer types from microarray data using the combination of Genetic Algorithms and Support Vector Machines. FEBS Letters. 2003, 555:358-62.

Shuyu Li, Gene Cutler, Jane Jijun Liu, Timothy Hoey, Liangbiao Chen, Peter G. Schultz, Jiayu Liao, Xuefeng Bruce Ling. A
Comparative Analysis Of HGSC and Celera Human Genome Assemblies and Gene Sets. Bioinformatics. 2003, 19(13): 1597-605.

Chi-Hing C. Cheng, Liangbiao Chen, Thomas Near, Yumi Jin. Functional antifreeze glycoprotein genes in temperate-water New
Zealand nototheniid fish infer an Antarctic origin. Molecular Biology and Evolution. 2003, 20(11): 1897-908.

Chi-Hing C. Cheng and Liangbiao Chen. Evolution of Antifreeze Glycoprotein. Nature. 1999, 401:443-444.

Liangbiao Chen, Arthur L. DeVries, Chi-Hing C. Cheng. Evolution of antifreeze glycoprotein gene from a trypsinogen gene in
Antarctic notothenioid fish. PNAS. 1997, 94:3811-3816.

Liangbiao Chen, Arthur L. DeVries, Chi-Hing C. Cheng. Convergent evolution of antifreeze glycoproteins in
Antarctic notothenioid fish and Arctic cod. PNAS. 1997, 94:3817-3822.

SH Hahm, Liangbiao Chen, C Patel, J Erickson, TI Bonner, Eberhard Weihe, K. –H. Schafer, Lee E. Eiden. Upstream
sequencing and functional characterization of the human cholinergic gene locus. Journal of Molecular Neuroscience.
1998, 9(3): 223-236.

Berkhard Schutz, Liangbiao Chen, K. –H. Schafer, Eberhard Weihe, Lee E. Eiden. Somatomotor neuron-specific expression of
the cholinergic gene locus in transgenic mice. Neuroscience. 2000, 96(4): 707-722.

Eberhard Weihe, K. –H. Schafer, Berkhard Schutz, Martin Anlauf, Candan Depboylu, Christian Brett, Liangbiao Chen, Lee E.
Eiden. From the cholinergic gene locus to the cholinergic neuron. Journal of Physiology-Paris. 1998, 92: 385-388.

实验室简介
实验室简介: 发育生物学中心