2000年-2004年承担科研项目：
1. 极端微生物及其功能利用的基础研究 （2004-2008. 2004CB719606）
科技部国家重点基础研究发展计划 （973） （冯雁，子课题负责人）
2. 生物合理设计手性农药 （20432010）
国家自然科学基金重点 （曹淑桂. 负责人）
3. 分子聚合体化学–有机功能微结构及其组装 (2000-2003，G000078102)
科技部重大基础研究发展项目（973）（罗贵民，主要参加者）
4. 生物催化和生物转化中关键问题的基础研究（2003-2007，2003716000）
科技部重大基础研究发展项目（973）（冯雁，主要参加者）
5. 新型嗜热脂肪酶在手性-2-辛醇制备中的应用（2001-2005，2001BA708B03-06)
科技部 “十五”科技攻关项目（冯雁,负责人）
6. 大豆生物蛋白肽的开发 （2001-2003，2001BA960C)
国家科技部 “十五”科技攻关项目（张学忠,技术负责人）
7. 含硒抗体酶的分子改造及其药学研究（2002-2004，2001AA215351）
国家科技部 “863”项目（罗贵民，主要参加者）
8. 植物非生物逆境胁迫基因转录因子网的差异蛋白质组学的研究 （2005-2007）
国家自然科学基金面上项目（郝东云，负责人）
9. 新型双结构域嗜热酯酶活性调节机制的研究（2005-2007）
国家自然科学基金面上项目（冯雁，负责人）
10. 古细胞超嗜热酯酶的结构和功能关系的研究 （ 2005-2007）
国家自然科学基金面上项目（高仁钧，负责人）
11. 酶催化拆分（S，R）2-辛醇及其机理的研究（2001-2003，20072011）
国家自然科学基金面上项目 （曹淑桂，负责人）
12. DNA-RNA复合酶的研究（2001-2003，30070181）
国家自然科学基金面上项目 （张今，负责人）
13. 环状 10-23结构脱氧核酶抗青霉素耐药性的研究（2002-2004，30171118）
国家自然科学基金面上项目 （张红缨，负责人）
14. 化学突变设计合成的短肽模拟谷胱甘肽过氧化物酶（2001-2003， 20072010）
国家自然科学基金面上项目 （罗贵民 ，负责人）
15. 碲化环糊精模拟谷胱甘肽过氧化物酶(2003-2005，20272016)
国家自然科学基金面上项目 （罗贵民 ，负责人）
16. 非水介质中酶与底物相互识别的研究（2003-2004，20272017）
国家自然科学基金面上项目 （曹淑桂，负责人）
17. 含硒单链抗体酶的制备及其治疗心脑血管疾病的研究（2003-2005，30200050）
国家自然科学基金面上项目 （牟颖，负责人）
18. 新型抗人CyclinD1胞内单链Fv抗体研制和抗肿瘤效应研究（2003-2005，30200256）
国家自然科学基金面上项目 （李桂英，负责人）
19. RNA编辑酶在胶质瘤细胞增殖调控中作用机理的研究（2003-2005， 30217334）
国家自然科学基金面上项目 （李桂英，主要参加者）
20. 用SERS构建的纳米粒子研究生物分子的识别过程（2003-2005，20273022）
国家自然科学基金面上项目 （李正强，主要参加者）
21. 酶定向进化设计 (1999-2001. 99156)
教育部科技重点项目（张今，负责人）
22. 人细胞外超氧化物歧化酶体外定向进化 (2003-2005. 03056)
教育部科技重点项目（张今，负责人）
23. RNAi抗SARS病毒的研究 (2004-2006. 104067)
教育部科技重点项目（孔祥铎，负责人）
24. 嗜热酶稳定性机制的研究（2003-2005）
教育部优秀青年教师资助计划（冯雁，负责人）
25. 我国名贵珍稀动物药的基础研究（2003-2006）
国家中药局重大项目（张学忠，负责人）
26. 编码微球微流控芯片传染病快速诊断仪的研制与应用 （2003IK057 2003-2005）
国家商检总局重大科技攻关项目 （牟颖，子课题负责人)

2005年承担科研项目：
1. 古细菌超嗜热酯酶的结构和功能关系的研究（ 2005-2007 ，编号 30400081 ）
国家自然科学基金面上项目（高仁钧，负责人），总经费 20 万元
2. 新型双结构域嗜热酯酶活性调节机制的研究（ 2005-2007 ，编号 30470015 ）
国家自然科学基金面上项目（冯雁，负责人），总经费 20 万元
3. 植物非生物逆境胁迫基因转录因子网的差异蛋白质组学研（2005-2007，编号 30470159 ）
国家自然科学基金面上项目（郝东云，负责人），总经费 22 万元
4. 手性农药的研制（ 2005-2007 ，编号 20432010 ）
国家自然科学基金重点项目（曹淑桂，子课题负责人），总经费 40 万元
5. 生物催化合成医用高分子聚酯的新工艺研究（ 2005-2007 ，编号 20050312 ）
吉林省科技厅高技术重点项目（冯雁，负责人），总经费 20 万元
6. 激活 CO/sGC 信号转导系统的天然分子探寻研究（ 2005-2007 ，编号 20050561 ）
吉林省科技厅基础处项目（李正强，负责人），总经费 7 万元
7. 抗 CyclinD1 胞内抗体的肿瘤靶向治疗研究（ 2005-2007 ，编号 20050410-3 ）
吉林省科技厅社发处项目（李桂英，负责人），总经费 5 万元